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    【產品編號】2793951

    【英文名稱】5fC CLEVER-seq Kit

    【中文名稱】全基因組5-醛基胞嘧啶單細胞檢測試劑盒

    【產品內容】

    產品組成

    含量

    溶液P1Buffer P1

    2.4 mL

    M

    24

    模式序列

    24ul

    注:溶液P1:丙二腈反應液;M:丙二腈

    【保存條件】模式序列置于-20 °C,可保存12個月。

      M和溶液P1置于4 °C,可保存12個月。

    M需避光保存。

    【產品概述】

    5-甲基胞嘧啶修飾(5mC)是真核細胞基因組中最為重要的表觀遺傳修飾之一。5mC可以在TET家族酶的作用下逐步氧化生成5-羥甲基胞嘧啶(5hmC)、5-醛基胞嘧啶(5fC)和5-羧基胞嘧啶(5caC);對于上述幾種新型DNA修飾的功能研究是目前核酸表觀遺傳學的一個研究熱點。

    百靈威推出新型單細胞5fC檢測試劑盒,它主要用于單細胞5-醛基胞嘧啶 (5-formylcytosine, 5fC)的全基因組單堿基分辨率測序;也可應用于5fC在早期胚胎發育和疾病發生發展過程的生物學功能研究。

    【自備材料】

    Oligo Clean & Concentrator (ZYMO, #D4060)

    NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit for IlluminaNEB,#E7645

    NEBNext Singleplex or Multiplex Oligos for Illumina (NEB #E7350, #E7335, #E7500, #E7600, #E6609, #E7710, or #E7730)

    MALBAC Single Cell WGA KitYikon Genomice Co., Ltd Cat.No.YK001A/B

    AMPure XP BeadsBeckman Coulter, Inc. #A63881

    無水乙醇

    滅菌超純水

    低吸附EP、PCR

    磁力架

    PCR熱循環儀

    Thermo-mixer (Eppendorf)

    【流程概述】

    5fC CLEVER-seq Kit 原理圖

    【注意事項】

    A.    磁珠操作注意事項:

    應將磁珠孵育至室溫后再使用

    每次吸取磁珠前都應將其充分混勻

    DNA樣品加入磁珠后應將其充分混勻

    所有磁珠操作都應于室溫進行

    移取上清操作應在磁珠被徹底吸附后小心進行

    磁珠在洗脫之前應充分干燥,避免乙醇殘留影響后續實驗

    B.    避免樣品交叉污染

    吸取不同樣品時更換槍頭

    C.  酶的取放應在冰上進行,為避免反復凍融或長期使用后活性下降,我們推薦您在首次使用后將剩余試劑小份分裝凍存。

    D. 單細胞避免污染

    單細胞操作微量DNA,在預擴增前,操作需在超凈工作臺中進行,避免污染

    溶液吸取需使用帶濾芯的槍頭

    E. 預擴增前所有反應需在一個EP管中進行

    【實驗步驟】

    起始材料:將分選好的一個單細胞置于MALBAC Single Cell WGA Kit Yikon Genomice Co., Ltd Cat.No.YK001A/B)的Cell Lysis Buffer中。

    . 細胞裂解

    按照MALBAC Single Cell WGA KitYikon Genomice Co., Ltd Cat.No.YK001A/B)說明書進行細胞裂解。

    . M介導的5fC標記

    在裂解的細胞中加入1ul M, 1ul溶液P11ul模式序列,充分混勻,置于Thermo-mixer (Eppendorf)中,37°C,850rmp避光反應20h。

    . 單細胞擴增

    1. 將標記完成的細胞按照MALBAC Single Cell WGA KitYikon Genomice Co., Ltd Cat.No.YK001A/B)說明書進行單細胞擴增。

    2. 擴增完成后,按照Oligo Clean & Concentrator (ZYMO, #D4060)說明書純化上述完成擴增的單細胞。

    注:加入30ul 洗脫緩沖液洗脫。

    四.文庫構建

    按照NEBNext® Ultra™ II DNA Library Prep Kit for Illumina (NEB,#E7645)說明書進行建庫擴增。

     

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